The passage explains that Pinchas received two rewards—a covenant of peace and a covenant of eternal priesthood—not merely for his zealous act itself, but because he performed zealousness on behalf of God while simultaneously stopping the attribute of Justice from striking down other sinners and instead became an advocate for Israel's atonement.
או יבואר, פנחס בן אלעזר כו'. ויש לדקדק תיבת בתוכם, הוא מיותר. ועוד יש לדקדק דפנחס לא עשה רק דבר אחד שהיה מקנא קנאת ה' צבאות והקדוש ברוך הוא שילם לו שני שכרים ברית שלום וברית כהונת עולם. ונראה, דהנה חכמינו ז"ל אמרו פנחס זה אליהו, ובתוספות מביא בשם תנא דבי אליהו, שהיו חולקים ממי בא אליהו אם מרחל אם מלאה, ובא אליהו ואמר להם שאני מבני בניו של רחל. ונראה דאלו ואלו דברי אלהים חיים, דהכלל הוא, שאם רואה אדם חס ושלום בני אדם שעוברין עבירה וכועס תיכף עליהם ומקנא קנאת ה' צבאות אזי חס ושלום מעורר דינין על ישראל. אבל פנחס אף על פי שקינא קנאת ה' צבאות אף על פי כן לא היה מעורר עליהם דינין חס ושלום רק חסדים גדולים ומכפר על בני ישראל והוא היה המליץ על ישראל כדאיתא בגמרא, שבא וחבטן בקרקע ואמר לפניו רבונו של עולם על אלו יפלו כ"ד אלף מישראל. ומחמת זה נתן לו הקדוש ברוך הוא שני שכרים. ברית שלום, מחמת שקינא קנאת ה' צבאות. וברית כהונת עולם, מחמת שהיה בתוך בני ישראל ולא היה מופרד מהם והיה מעורר עליהם חסדים וכפר עליהם כמדת כהן הוא חסד ומכפר על בני ישראל: פנחס זה אליהו, והוא חי וקיים. ולמה, הכלל, כי הגוף אשר באדם הוא רחוק מעבדות ה', כי הגוף הוא חושב הצטרכות שלו, רק הנשמה אשר באדם היא החושבת תמיד ביראת ה' אבל הגוף אינו כן לכן הוא הולך לקבור. אבל באמת אם היה הגוף גם כן עובד את ה' תמיד לא היה אדם מת. וכן היה קודם חטא אדם הראשון ובאמת פנחס היה מוסר עצמו למיתה בזה המעשה כמאמר חכמינו ז"ל ונמצא לא חשב הגוף של פנחס הצטרכות גופניות, רק היה עובד את ה' באמת כמו הנשמה, כי הגוף בעת עשותו זה המעשה היה כלא היה, כי מסר עצמו למיתה בזה המעשה שהיה עושה לעשות רצון ה' לכך נזדכך הגוף של פנחס להיות חי וקיים. וזהו שמבואר במדרש פנחס בן אלעזר כו', בדין הוא שיטול שכרו, כי כאשר בארנו שהגוף של פנחס היה בשעת מעשה כלא היה והיה הגוף נסתר. וזהו הרמז במדרש. בדין, הוא לשון נסתר מחמת שהגוף היה נסתר כנ"ל מהראוי ליטול שכרו:
An alternative method of interpreting the verse quoted in the last paragraph. The Torah refers to the wrath of G’d having been at large among the Children of Israel by using the word בתוכם, usually translated as “in their midst.” Why did the Torah have to write this word? Is it not self-evident that this was the locale where G’d’s anger had become manifest? Furthermore, seeing that Pinchas had performed only one single deed, i.e. he acted zealously on behalf of Hashem, why would the Torah give him two rewards for this? He was granted the priesthood for himself and his descendants, and a covenant of peace! We have a rule that when one sees someone committing a transgression against the Torah laws and one is incensed by this to the extent of being zealous on G’d’s behalf (like Pinchas), one may involuntarily provoke the attribute of Justice to be awakened against all such transgressors. Pinchas’ second “deed” consisted in the fact that in spite of having acted upon his zealousness, he did not thereby provoke the attribute of Justice against other sinners, but, on the contrary, he stopped the very attribute of Justice from carrying out its appointed task. He achieved atonement on behalf of other sinners and became the epitome of a מליץ יושר, a counsel for defense of his fellow Jews. This has been described in Sanhedrin 44 where Pinchas is described as having flung the bodies of Zimri and Kosbi on the ground before G’d, exclaiming that “did 24000 Israelites have to die on account of these two (sinners)?” In light of this G’d rewarded Pinchas with two rewards for his deed. His act of zealousness instead of putting him outside the people had placed him squarely in the midst of the people, More on the concept that Pinchas is identical with or equivalent to the prophet Elijah. It is an axiom that man’s body as such is a long way from getting involved in service of the Creator. The body, by definition, is concerned with its own needs, and seeing that is it transient, mortal, cannot be expected to concentrate on the likes and dislikes of its Creator, were it not for the fact that it is inhabited by a soul of divine origin. Naturally, this soul, which feels as if in prison while it inhabits a mortal body, longs for a return to its origin. Seeing that the body does not share the soul’s lofty aspirations, it is condemned sooner or later to return to the dust from which it was formed, i.e. its destiny is the grave, interment in the earth. This condition of the body, however, is not absolute. If the body too had been involved in service of the Lord willingly, it would not be mortal. Such a situation existed in Gan Eden before man committed the first sin. Actually, (according to our author) Pinchas by his deed, had deliberately risked death, as the sages said in Sanhedrin 82, i.e. his body had not warned him that he was embarking on self destruction. As a reward, his body had become immortal, similar to the body of the prophet Elijah which departed from earth on a journey heavenwards (Kings II 2,1-11) According to a Midrash referred to by our author, Pinchas’s success in killing Zimri was due to his body having made itself invisible at the time. [I must confess that the statement attributed by the editor of the version of the Kedushat Levi that I work from to Sanhedrin 82 is not to be found there. Maybe the author had a different source in mind when quoting: “our sages have said.” Ed.]